会了GEO数据下载，来看看怎么上传吧

今天是生信星球陪你的第703天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于2020.8.12

第一次接触这个操作，下午跟着官网学习了下

果然，还是看官网的帮助文档最香~

1 注册NCBI GEO账号

先注册NCBI账号，在：

然后注册GEO账号，在：

GEO可上传的数据类型种类主要集中在芯片和高通量数据，比如芯片数据的四大主流：Affymetrix、Agilent、Nimblegen、Illumina，高通量的RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等。另外还有RT-PCR、SAGE数据可以上传

2 提交高通量测序数据须知

重点需要提交三部分：

实验总览（metadata spreadsheet）：参考样本

处理过后的数据（processed data files）：需要注意

所有处理过的文件描述都必须体现在metadata文件中

如果提交了WIG, bedGraph, GFF, GTF文件，格式需要参考：UCSC file format FAQ

原始数据（raw data files）： GEO的原始数据也是会提交给SRA

关于数据压缩：为了加快传输，可以适当将数据压缩，但不强求。可以使用gzip、bzip2（后缀是.gz或.bz2） ，但不要压缩二进制文件（如BAM、bigWig、bigBed），也不要上传ZIP文件

3 GEO接受的数据与不可接受的数据GEO可接受的

基因表达、基因调控、表观以及其他功能基因组学研究，例如

GEO不可接受的4 重头戏-实验总览（metadata spreadsheet）

参考样本：

总共包含7大块4.1 SERIES

与文章相关的内容

4.2 SAMPLES

与样本信息相关的内容

4.3 PROTOCOLS

样本的实验操作以及建库流程，简单描述即可

4.4 DATA PROCESSING PIPELINE

数据处理描述，比如基因组版本是什么、怎么比对、怎么过滤、怎么找peaks、怎么定量

4.5 PROCESSED DATA FILES

数据处理后的文件名称

4.6 RAW FILES

4.7 PAIRED-END EXPERIMENTS

如果使用了双端测序数据ftp上传文件没有内容，需要列出各自的名称

5 准备工作结束后，可以开始上传

上面的实验总览（metadata spreadsheet）、处理过后的数据（processed data files）、**原始数据（raw data files） ** 都准备好ftp上传文件没有内容，就可以开始准备上传了

学习如何使用FileZilla进行上传

首先会看到自己的上传目录，一会将用到

然后设置FileZilla：

此时会发生报错，忽略它

修改Remote site，然后回车连接：

最后就可以将本地数据上传到GEO指定位置了

Tips：为了避免FileZilla上传过程出现中断，可以设置断点续传

6 最后，提醒GEO数据上传完成

并且会提示再核实一遍信息，没有问题的话5个工作日内就会进行审核